甘丹寺的最高主持人称为甘丹赤巴，意为甘丹寺法台 因为甘丹寺是格鲁派的祖寺，所以甘丹赤巴也是整个格鲁派的主持，地位仅次于达赖和班禅 甘丹寺山下不远有莫寺，过去是西藏地方政府四大护法之一的拉莫神巫预言占卜之地，与甘丹寺有着密切的渊源关系
甘丹寺为全国重点文物保护单位 由５０多座建筑组成，主要有大殿、扎仓、康村、米村及佛堂僧舍
“赤多康”是甘丹寺最早修建的佛堂之一，也是宗喀巴和历任法台的卧室，１７２０年索朗多吉进行了扩建，到１８世纪七世达赖格桑嘉措时期加盖了金顶 由于殿内保存有宗喀巴和历任法台的衣物，所以又叫存衣殿 是宗喀巴大师当年生活之地，也是他圆寂之处
甘丹寺全寺分夏孜、绛孜两个扎仓（经学院）夏孜扎仓是宗喀巴弟子德布仁布切主持修建的，经常用８８根大柱建成，面积近１０００平方米；绛孜扎仓是由索朗白桑主持修建的，经堂用８４根大柱建成，面积９３０平方米 两个扎仓分别可容１５００个喇嘛同时念经 扎仓下高康村，甘丹寺共有２３个康村，每个康要都有一个小经堂，大多为二层楼的建筑，面积都在４００平方米以上，一般可容２００名喇嘛同时念经 有的康村下面再设米村，米村是寺庙最基层的管理机构，甘丹寺共有２０个米村 此外，还有修建甘丹寺的主要施主达孜宗本在甘丹寺修建的高达９层的宫宇以及千计的（据说宗喀巴３岁学文，７岁出家，取法名洛桑扎巴，系青海宗喀地方（西宁塔尔寺附近）人，成名之后，被众尊称为宗喀巴 他１６岁（１３７２年）启程到西藏深究佛法，先后在许多寺院从名师学习显密教法；２５岁获得格西学位；２９岁开始讲经授徒；４０岁以后著书立说，逐渐形成了他的思想体系
宗喀巴在１５世纪初叶所推行的“宗教改革运动”，除去了以前西藏佛教的一些积弊，而以渊源于阿底峡、创建于仲敦巴、盛行于博多娃的噶当派（也称教戒派）教义为宗旨，所以格鲁派也叫新噶当派 又因为这一教派的僧人都带黄色僧帽，故又称黄教 １４０９年初，宗喀在拉萨大昭寺前成功地创办了墨浪钦摩大法会，标志着看他在宗教教理方面已经得到全藏僧谷大众的崇奉；甘丹寺的修建，则标起着格鲁教派有了根本道场，黄教已经在“宗教改革”的基础上建立起来 后来黄教终于发展成为藏传佛教最大的教派 ）喇嘛僧舍和９个辩经场所
甘丹寺的壁画和雕塑都很精美，保存的文物也不少 除了不面提到的乾隆的盔甲外，还有许多制作精美的丝织“唐卡”，其中很多是明代早期的江苏刺绣，是宗喀巴的弟子释迦也失去南京受封以后，从内地带回拉萨献给甘丹寺的
但在“文化大革命”时期，甘丹寺遭到了严重破坏，古老的建筑全部被拆毁，只留下残垣断壁，寺内的大量文物也基本上被洗劫一空，连宗喀巴的灵塔也被砸毁，据说上面的一块世界上排第三大的金刚钻也不知去向，只有小部分贵重文物得以保存下来 所以很多其地区的欺诈老百姓很讨厌甘丹寺一带的人，说他们拆了甘丹寺，以后永远也富不起来
甘丹寺到近年才陆续重修，但规模还不能和原来相比
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